Phần 1: Naruto
Mười hai năm trước, trước khi câu chuyện bắt đầu, quái thú Cửu Vĩ Hồ Ly (chồn 9 đuôi) tấn công Konoha (làng Lá), hủy hoại phần lớn ngôi làng và cướp đi biết bao là sinh mạng. Đứng trước cảnh đó, Hokage đệ Tứ (trưởng làng) đã hi sinh chính bản thân mình để phong ấn Cửu Vĩ vào thân thể đứa con trai mới sinh của mình là Uzumaki Naruto.
[external_link_head]
12 năm sau, Naruto lớn lên trong sự thù hằn, sợ hãi và xa lánh của dân làng Konoha. Người ta không sợ đứa bé chỉ sợ quái vật bị phong ấn bên trong. Vì con quái vật đó từng giết chết người thân, gây tang tóc cho gia đình, bạn bè những người còn sống. Họ không thể quên được nỗi đau ấy. Bọn họ sợ một ngày nào đó phong ấn không thể trói buộc được Cửu Vĩ, Naruto sẽ trở thành quái vật hủy diệt ngôi làng.
Cô độc, bị hắt hủi, bị thù địch hoặc xa lánh, Naruto luôn băn khoăn tự hỏi tại sao mình lại được sinh ra, tại sao lại là mình bị chọn, tại sao mình không có cha mẹ. Thời thơ ấu của Naruto bị bao trùm bởi bóng tối. Bóng tối kéo dài, đeo bám lấy cậu bé không buông. Đủ tuổi, Naruto cũng vào Học viện đào tạo Ninja của làng như bao đưa trẻ khác. Tại đây, cậu bé đã gặp những người bạn, đồng đội, người thầy giúp cậu thay đổi chính mình.
Nhưng người bạn mới vun bồi cho cậu bé sức sống mạnh mẽ và dần dần được công nhận. Cậu không còn nghịch ngợm để gây sự chú ý mà ngày quyết tâm chứng bản thân, mình không phải quái vậy, cậu chính là Uzumaki Naruto, là ninja của Konoha. Cậu luôn ồn ào, câu cửa miệng là “Tôi Uzumaki Naruto, là người sẽ trở thành Hokage”. Nhưng để trở thành một Hokage không phải là điều dễ dàng , Naruto còn phải cố gắng nhiều hơn nữa và phải mạnh mẽ hơn nữa.
Giai đoạn chủ yếu
Sóng Quốc: mở màn câu chuyện là hành trình thực hiện nhiệm vụ dành cho Đội 7 mà trong đó các thành viên phải bảo vệ ông Tazuna hoàn thành cây cầu và đụng độ Momochi Zabuza cùng Haku, những ninja mạnh đến từ làng sương mù. Đây là arc quan trọng đầu tiên của toàn series, thể hiện được một câu chuyện có đầy đủ tất cả các bộ phận cấu thành cần thiết và định ảnh rõ nét hơn cho cá tính mỗi nhân vật cũng như mô tả được các trận chiến thực sự.
[external_link offset=1]
Kì thi tuyển Chūnin: Arc đánh dấu sự xuất hiện của nhân vật phản diện chính đầu tiên: Orochimaru. Arc tiền đề cho sự phát triển cốt truyện của toàn bộ phần còn lại trong series: Sasuke có được Ấn chú từ Orochimaru. Trong đó còn rất nhiều nhân vật phụ khác.
Cuộc xâm lăng làng Lá: Gaara, một thí sinh đến từ làng Cát, cũng mang trong mình con quái vật như Naruto. Cũng trải qua cuộc sống tẻ nhạt như Naruto nên tính tình lãnh đạm và tàn tác). Chính Naruto đã thay đổi nhận thức và tình cảm khi va chạm với Naruto. Hokage đệ Tam chết dưới tay Orochimaru khi ông cố gắng ngăn chặn mưu mô của hắn.
Tìm kiếm Tsunade: Sau cái chết của Đệ Tam, Naruto theo Jiraiya học tập và tìm kiếm Tsunade (1 trong ba Sa in huyền thoại, sánh ngang với Jiraiya và Orochimaru) về làm Hokage đệ Ngũ.
Giành lại Sasuke: Chú ấn làm biến đổi Sasuke khiến cậu bé quyết định rời làng đến chỗ Orochimaru nâng cao sức mạnh để trả thù anh trai Itachi (thù giết cha mẹ và toàn bộ gia tộc). Naruto và đồng bạn đuổi theo quân địch để giành lại Sasuke. Naruto vs. Sasuke quyết đấu lần đầu tiên tại Thung Lũng tận cùng. Cũng trong arc này, Naruto lần đầu tiên sử dụng dạng chuyển hóa jinchūriki một đuôi do Cửu Vĩ truyền cho cậu ta thêm sức mạnh để chiến đấu với Sasuke.
Phần 2: Naruto Shippuden
Câu chuyện tiếp tục sau khoảng thời gian Naruto cùng Jiraiya đi chu du dạy và học. Uzumaki Naruto trở về kết hợp và Haruno Sakura, Sai và Yamato tiếp tục tìm kiếm Uchiha Sasuke. Phần này xuất hiện thế lực phản diện mới là Tổ chức Akatsuki, mục đích tổ chức này săn bắt tất cả người sở hữu Vĩ thú.
Giải cứu Kazekage: Akatsuki đến làng Cát để Shukaku (Nhất Vĩ) phong ấn trong Gaara. Thành viên thực hiện nhiệm vụ là Sasori và Deidara. Chúng bắt Gaara và thu hồi Nhất Vĩ vào Quỷ tượng Gedo. Naruto và đồng bạn nhận được tin đã đến cướp xác Gaara, giết Sasori và đánh bại Deidara. Trưởng lão Chiyo đã hồi sinh Gaara.
Sasuke và Sai: Đội 7 được tái lập với 2 thành viên mới là Sai và đội trưởng Yamato. Xâm nhập cứ điểm của Orochimaru, đụng độ Uchiha Sasuke.
Mười hai Ninja Hộ vệ: Nhóm người từng coi lãnh chúa là tướng của bàn cờ, người cần được ưu tiên bảo vệ. Ý kiến bất đồng chia hai nhóm ra đấu tranh, trưởng nhóm chủ chiến (muốn dẹp bỏ vị trí Hokage thống nhất quốc gia) Kazuma giả chết. 7 năm sau, Kazuma lần nữa muốn hủy làng Lá nhưng bị Asuma (từng nằm trong nhóm 12 hộ vệ, con trai hokage đệ Tam) ngăn chặn được.
Hidan và Kakuzu: “Bộ đôi Xác ướp” của Akatsuki bắt giết Chiriku (một trong 12 hộ vệ khi xưa, mạng được treo thưởng chợ đen) bán lấy tiền. Asuma hay tin, Làng lá phát động đuổi theo cướp xác không thành, Asuma bị giết. Naruto sử dụng chiêu thức mới luyện hạ được Kakuzu.
[external_link offset=2]
Đuổi theo Itachi: Đội ninja của làng Lá truy tìm tung tích Itachi của Sasuke. Naruto chạm trán Itachi bị Itachi ép nuốt con quạ. Trong cùng thời gian, Jiraiya đối đầu thủ lĩnh Pain của Tổ chức tội phạm cấp S Akatsuki. Jiraiya bị giết thi thể chìm xuống biển chỉ để lại con cóc truyền tin. Phần cuối arc là trận huyết chiến giữa hai anh em nhà Uchiha, Itachi trước khi chết đã phong ấn Chú mà Orochimaru để lại trên người Sasuke.
Cuộc xâm lăng của Pain: Sau khi giết chết Itachi, Sasuke gia nhập Akatsuki, nhận nhiệm vụ bắt Bát Vĩ Killer Bee. Thủ lĩnh Pain Lục đạo vs. Naruto (jinchūriki của Cửu Vĩ). Cả hai trận chiến Akatsuki đều thất bại. Thân phận thật của Pain phơi bày, là Nagato, đại đệ tử của Jiraiya. Gặp được Naruto, Nagato hồi tâm chuyển ý, hy sinh tính mạng hồi sinh người dân làng Lá
Hội nghị Ngũ đại Kage : Hai sự kiện Pain hủy diệt làng Lá và Killer Bee (tạm cho là) bị bắt giữ bởi đã dấy lên sự khích động trong nội bộ Ngũ đại Quốc Ninja, các làng kêu gọi hợp tác đối phó Akatsuki. Ngũ đại Quốc Ninja đã thành lập một Liên minh ninja với Thiếc Quốc và sẵn sàng cho Chiến tranh lớn Thế giới Ninja lần thứ Tư cũng như trận quyết đấu cuối cùng chống lại Akatsuki; trong khi đó Naruto tập tành dưới sự chỉ dẫn và giám sát của Killer B để điều khiển được sức mạnh của Cửu Vĩ.
Chiến tranh lớn Thế giới Ninja (lần 4): Ngũ đại Quốc Ninja và các samurai cùng chung sức, gây nên Liên minh Ninja chống lại Tobi và Akatsuki để bảo vệ hai jinchūriki cuối cùng, Uzumaki Naruto và Killer Bee. Liên minh Ninja vừa xuất chiến đã phải đối mặt hàng vạn Zetsu Trắng và đội quân Uế thổ chuyển sinh, hoạt thi sống dậy chiến đấu với khả năng bất tử. Đặc biệt là các Kage tiền nhiệm, Uchiha Madara và các cựu Vĩ chủ cũng được hồi sinh. Itachi cũng được hồi sinh nhưng đã dùng nhãn thuật giải phóng mình khỏi Uế thổ chuyển sinh, phản truy tung tìm ra người thi thuật là Kabuto, giải trừ thuật Uế Thổ Chuyển Sinh.
Sự hồi sinh của Thập Vĩ. Đỉnh điểm của Chiến tranh lớn Thế giới Ninja lần thứ Tư là sự hồi sinh của Thập Vĩ – điều mà Tobi và Uchiha Madara đã tiến hành suốt mấy chục năm để hoàn thành Kế hoạch Nguyệt Nhãn.
Sự hồi Sinh của Kaguya: Sau khi Madara hoàn toàn hồi sinh và thức tỉnh được 2 mắt Rinnegan cũng là lúc Zetsu Đen làm phản và giết Madara để chuyên hóa hắn thành nguồn Charka khổng lồ để hồi sinh Kaguya, Thủy Tổ của Charka. Đội 7 tập hợp lại cùng nhau đánh bại và phong ấn bà lại. Kết thúc đại chiến Ninja lần thứ 4.
Trận chiến cuối cùng của Naruto và Sasuke.[external_footer]
